Multibiplotgui: un paquete en R para el tratamiento de datos de conjuntos múltiples
Ana Belén Nieto Librero (Centro de Investigación del Cáncer - Universidad de Salamanca),María del Carmen Patino (Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca)
María Purificación Galindo (Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca), Purificación Vicente (Departamento de Estadística, Universidad de Salamanca)
Nora Baccalá (Centro Regional Universitario Bariloche, Universidad Nacional del Comahue, Argentina), Ángel Maíllo (Servicio de Neurocirugía, Hospital Universitario de Salamanca)
Pablo Sousa, (Servicio de Neurocirugía, Hospital Universitario de Salamanca), Inés Crespo (Centro de Neurociencias y Biología Molecular, Universidad de Coimbra, Portugal; Facultad de Farmacia, Universidad de Coimbra, Portugal)
Celeste Lopes (Centro de Neurociencias y Biología Molecular, Universidad de Coimbra, Portugal; Facultad de Farmacia, Universidad de Coimbra, Portugal), Alberto Orfao (Departamento de Medicina y Centro de Investigación del Cáncer, Universidad de Salamanca)
María Dolores Tabernero (Departamento de Medicina y Centro de Investigación del Cáncer, Universidad de Salamanca)
En este trabajo se presenta el paquete multibiplotGUI, implementado en
el lenguaje R como una interfaz gráfica de usuario (GUI) tool comand
language/tool kit (Tcl/Tk), del análisis multibiplot. Esta técnica
estudia las interrelaciones entre individuos y variables cuando son
medidas en distintas ocasiones o en diferentes situaciones
experimentales. Utiliza los métodos BIPLOT que nos permiten
representar los individuos y los distintos grupos de variables (o las
variables y los distintos grupos de individuos) en el mismo espacio, y
obtener un espacio de comparación común para todos los grupos donde es
posible calcular medidas de la calidad de representación para cada uno
de los elementos representados. Este paquete permite calcular
coordenadas para individuos y variables, contribuciones, calidades de
representación y bondades de ajuste así como gráficos en dos y tres
dimensiones con la representación conjunta de dichas coordenadas y la
posibilidad de cambiar las características visuales del gráfico para
facilitar su interpretación. Como ejemplo de utilización del paquete
se ha realizado un análisis multibiplot de datos procedentes de
SNP-arrays de 61 pacientes diagnosticados con glioblastomas
multiformes y 57 meningiomas cuyas muestras fueron recogidas en el
Hospital Universitario de Coimbra (Portugal) y en el Hospital
Universitario de Salamanca (España), respectivamente. Se realizaron
varios análisis, utilizando el array de Affymetrix Genome-Wide Human
SNP 6.0 en un subgrupo de 26 glioblastomas multiformes y 7 meningiomas
y 35 glioblastomas y 50 meningiomas fueron analizados con el array de
Affymetrix GeneChip Human Mapping 500K. Del total de sondas analizadas
para ambos arrays, un subconjunto de 73 genes localizados en el
cromosoma 7 presentes en ambos arrays mostró que las alteraciones
genéticas permiten subclasificar ambos conjuntos de tumores del
sistema nervioso, siendo las representaciones en 3 dimensiones las que
más claramente visualizan las diferencias entre tumores.
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