Optimal.Cutpoints: un paquete en R para la selección de puntos de corte óptimos en las pruebas diagnósticas
Mónica López Ratón, Unidad de
Bioestadística-Departamento de Estadística e Investigación
Operativa-USC
María Xosé Rodríguez Álvarez, Unidad de Epidemiología Clínica y
Bioestadística. Complejo Hospitalario Universitario de Santiago de
Compostela (CHUS)
Carmen María Cadarso Suárez, Unidad de Bioestadística, Departamento
de Estadística e Investigación Operativa. Universidad de Santiago de
Compostela
Francisco Gude Sampedro, Unidad de Epidemiología Clínica y
Bioestadística. Complejo Hospitalario Universitario de Santiago de
Compostela (CHUS)
En la práctica, para la aplicación rutinaria de los tests diagnósticos
continuos es necesario seleccionar un punto de corte o valor de
discriminación c para definir los resultados positivos y negativos del
test T, de forma que en general, los individuos con un valor se clasifican como enfermos, mientras que los que tienen un valor
menor se clasifican como no enfermos. Surge entonces el problema de
elegir el "mejor" punto de corte c. Se han propuesto diversas
estrategias para la selección de puntos de corte óptimos dependiendo
del objetivo que se persiga con tal elección.
El paquete optimal.cutpoints que hemos diseñado en R permite a los
usuarios elegir entre un elevado número de estrategias comúnmente
utilizadas en la práctica clínica para la selección del punto de corte
óptimo. El programa incorpora tanto criterios que tienen en cuenta los
costes de las diferentes decisiones del diagnóstico como la
prevalencia de la enfermedad en estudio o diversos criterios basados
en las medidas de Sensibilidad, Especificidad, los Valores Predictivos
o las Razones de Verosimilitud. Además permite el cálculo de los
valores óptimos según los niveles de determinadas covariables
(categóricas), hecho que resulta de gran interés puesto que en muchas
ocasiones la discriminación de un marcador diagnóstico puede ser
diferente en función de ciertas características, como por ejemplo, el
sexo o la edad del paciente. Los resultados numéricos proporcionados
incluyen el punto de corte óptimo mediante el criterio seleccionado y
las medidas diagnósticas en dicho valor óptimo con sus
correspondientes ICs Bootstrap al 95%.
En las salidas gráficas del programa se presentan la Curva ROC del
test analizado y la gráfica del criterio correspondiente en función de
los valores del test (candidatos al punto de corte óptimo).
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